The Molly Maguires speelt zich af in het Pennsylvania van de 19e eeuw en volgt een geheime groep Ierse mijnwerkers die in opstand komt tegen de harde en onmenselijke werkomstandigheden in de steenkoolmijnen. James McParlan, een undercoverdetective, infiltreert in de groep om hun plannen te onthullen en de leiders te ontmaskeren. Terwijl hij dichter bij de mijnwerkers komt, begint hij te twijfelen aan zijn opdracht en groeit zijn begrip voor hun strijd. De film combineert spanning met sociale kritiek en toont de moeilijke leefomstandigheden van arbeiders in die periode.